El programa de Doctorado en Ciencias Mención Ecología y Evolución tiene como principal objetivo impartir formación científica avanzada en ciencias ecológicas y evolutivas, para así formar científicos/as integradores/as e independientes. Los/as doctorandos/as y egresados/as tienen la capacidad de realizar investigación competitiva de acuerdo a los más altos estándares internacionales; verificable a través de indicadores como publicaciones ISI, capacidad de captar fondos de adjudicación, como también ser capaces de vincular su investigación con la sociedad.