El programa de Magíster en Paleontología tiene por objetivo entregar las bases teóricas, experimentales y metodológicas para proyectar y desarrollar actividades de investigación en el área, así como promover la gestión del patrimonio paleontológico en sitios, museos y colecciones. Las líneas de investigación incluyen una buena parte de las disciplinas paleontológicas y paleoambientales que se pueden estudiar en Chile, dada la configuración geológica del país.

Su sello se centra en la entrega y generación de conocimientos acerca de la evolución e interacciones de los organismos continentales y marinos a través la historia de la Tierra, integrando el contexto paleoambiental. Tal rúbrica se origina en la generación interdisciplinaria de conocimientos que integran la evolución y las interacciones de los seres vivos con el entorno, en la historia del planeta Tierra.